JPUGには、分科会および委員会制度があります。 委員会は、大きなイベントを実行したり、会員以外の力もかりて活動する組織が委員会の位置づけになります。 各委員会はJPUG理事会の直轄組織で、実行委員会のメンバーはユーザ会の会員でなくとも参加が可能です。(現在、委員会はございません。）